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Posee árboles centenarios que alcanzan alturas de hasta 45 metros formando el denominado bosque catedral, como el Coigüe (Nothofagus dombeyi), Raulí (Nothofagus alpina), Tepa (Laureliopsis philippiana), Ulmo (Eucryphia cordifolia), Tineo (Weinmannia trichosperma), Lingue (Persea lingue), Avellano (Gevuina avellana), Mañío (Saxegothaea conspicua), Tayú (Dasyphyllum diacanthoides), y otros de menor tamaño como Meli (Amomyrtus meli), Luma (Amomyrtus luma), Fuinque (Lomatia ferruginea), Piñol (Lomatia dentata), Notro (Embothrium coccineum), Arrayán (Luma apiculata), Tiaca (Caldcluvia paniculata), Chinchin (Azara microphylla) y otros.
Ricas comunidades vegetales se distribuyen en distintos estratos bajo las copas de los árboles mayores, adaptados a la falta de luz solar como el Repu (Rhaphithamnus spinosus), Chilco (Fucsia magellanica), Chaura (Gaultheria sp., Pernettya sp.), Taique (Desfontainea spinosa), Michay (Berberis sp.), Zarzaparrilla (Ribes sp.) y otros.
El sotobosque, con orquídeas, alstroemerias, hongos, líquenes y musgos, permiten el desarrollo de especies como el ciervo volante, la mariposa dorada y el sapito de Darwin.
También hay abundantes lianas y trepadoras como el Copihue y una gran variedad de helechos que forman parte importante del piso del bosque y crecen también sobre los troncos de los árboles viejos y aquellos que se han caído.
En este ecosistema impone su original silueta el volcán Mocho Choshuenco con 2.415 metros de altura, el cual alberga nieves eternas de un milenario glaciar. Recorrido en que se aprecia la variación vegetal iniciando el ascenso entre Coigües de gran altura y llegando a un sector dominado por Lenga (Nothofagus pumilio), que pierde sus hojas durante la época fría. En esta área cae nieve durante el invierno.
Se asocia con Ñirre (Nothofagus antárctica) y Notro (Embothrium coccineum). Llegando a un espectacular mirador en que se aprecia una vista panorámica del entorno volcánico, el lago Pirehueico, lago Neltume y los volcanes como el Lanín, Quetrupillán y Villarrica.La vegetación que habita este ecosistema ha debido desarrollar diversas adaptaciones estructurales y fisiológicas que les permite sobrevivir sobre un suelo volcánico, bajas temperaturas y la nieve que cubre gran parte de sus follajes.
Para ello ha desarrollado hojas gruesas que las protegen de la desecación y les permite soportar el peso de la nieve.El sotobosque tiene Quila chica (Chusquea tenuifolia), Canelillo (Drimys andina), Leña dura (Maytenus distichia), Michay (Berberis serratodentata), Calafate (Berberis buxifolia),Chaura (Gaultheria sp, Pernettya sp),Luma blanca (Myrceugenia chrysocarpa), Ñipa (Escallonia andina), Traro-voqui (Ovidia andina) y Taique (Desfontainea spinosa).
La Pampa de Pilmaiquén es una extensa planicie de alrededor de 1.200 hectáreas que se encuentra altitudinalmente inferior al entorno, en una hondonada en los faldeos del volcán Mocho Choshuenco.
En este valle se acumulan masas de aire frío que descienden de las montañas colindantes que la rodean, lo cual condiciona una vegetación de matorral denso bajo de 1 a 4 metros de altura en que predomina el Ñirre (Nothofagus antarctica), especie caducifolia que puede alcanzar hasta 15 m de altura en condiciones favorables, y que aquí no supera los 5 metros de altura, coironal, en un terreno de arena volcánica, a 600 metros de altitud.
Esta formación típica de alta cordillera o de zonas muy australes, aporta al paisaje contrastes que son claramente visibles en otoño, cuando el amarillo de las hojas a punto de caer tiñe por completo este inmenso valle. Otro aspecto que aporta singularidad es la congruencia entre esta pampa y la población de guanacos que la habitan y deambulan tal cual se puede apreciar en Magallanes, su hábitat más reconocido.
Zonas templadas, por la presencia del agua y sobre aturadas de humedad durante todo el año, es notable la abundancia de epífitas, especialmente helechos del género Hymenophyllum, trepadoras y bromelias: Fascicularia bicolor, Greigia sphacelata. Sólo en este tipo de bosque se encuentra Lingue (Persea lingue) y Olivillo (Aextoxicon punctatum).
El río Fuy nace en el lago Pirehueico, río natural de aguas transparentes que se desliza por un surco volcánico y en el salto de Huilo Huilo se estrella desde unos treinta metros hacia un remanso del río Fuy. Su capacidad máxima es de 30 metros cúbicos por segundo.
Cuenta con una longitud aproximada de 17,6 km. desde su inicio hasta su confluencia con el río Neltume. El río Fuy desciende con fuerte pendiente desde 605 a 190 msnm. En su recorrido pasa por los saltos del Huilo Huilo, La Leona y El Puma. Luego, confluye con el río Neltume, y juntos forman el río Llanquihue.
Lago Pirehueico“ Lugar de agua de nieve” (Pire-nieve, Hue – lugar, co- agua).Lago de origen glaciar de aguas calmadas y cristalinas, ubicado en la Cordillera de los Andes en el paso fronterizo Hua-Hum. Tiene una superficie de 30,45 km2 y su profundidad máxima es de 145 metros, ocupa el sexto lugar en tamaño entre los lagos de esta región. Su color azul verdoso refleja su inmensa pureza. Gran parte de sus costas están formadas por rocas y bosques vírgenes de sobrecogedora belleza. En sus aguas habitan Hualas, Cisnes de cuello negro, Patos y Huillines.
La Fundación Huilo Huilo ha analizado muestras de agua de este lago en el cual ha identificado algunas especies de diatomeas, las cuales son algas unicelulares microscópicas que pertenecen al reino protista.Estos son organismos fotosintetizadores que viven en agua dulce o marina constituyendo una parte muy importante del fitoplancton. Uno de los rasgos característicos de las células de diatomeas es la presencia de una cubierta de sílice (dióxido de silicio hidratado), el cual permite variadas formas. La evidencia fósil sugiere que se originaron durante o antes del período Jurásico temprano, aproximadamente hace 200 millones de años.
Los saltos provenientes del Río Fuy suelen atravesar a finales del verano la reducción de sus niveles de agua por lo que en otoño puede que se encuentre desprovisto de esta. Si en determinados años no cae mucha nieve en las montañas, los ríos y lagos de la zona experimentan una baja de nivel. Esta disminución del caudal y en partes ausencia de él, ha permitido que este río esté más limpio que otros del Sur de Chile.
Por lo que un panorama muy atractivo es recorrer el salto y poder apreciar las formaciones rocosas que existen cuando el río se encuentra seco.
