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La fauna de la reserva, se caracteriza por poseer diversas especies de aves, entre las que se han descrito 81 y se encuentran especies endémicas como el chucao – que sólo habita en el bosque húmedo templado – y el carpintero negro. Además, habitan mamíferos como el puma, el pudú, marsupiales como el monito del monte y anfibios en peligro de extinción, como la ranita de Darwin.
La ranita de Darwin, es un anfibio de la familia Rhinodermatidae y animal endémico de los bosques templados de Chile y Argentina. En su etapa adulta, no supera los 3 cms. y se caracteriza por poseer una figura triangular. Su color varía de verde intenso a café, esto, le permite mimetizarse en el bosque y huir de sus depredadores. Su canto, es similar al de un ave debido a sus tonos altos similares a un silbido.
El carancho, es un ave rapaz que mide entre 55 y 60 cms. de largo y que es propio de de las zonas del centro y sur de América del sur. Presenta la parte superior de la cabeza en tonalidades negras, cuello grisáceo, pecho con líneas anchas pardas y cola blanquecina que termina con una banda negra.
El chucao, también conocido como tricao, es el ave emblemática de Huilo Huilo. Endémica de los bosques templados del centro sur de Chile, se alimenta principalmente de insectos, lombrices y frutos. Su pecho es color ladrillo y tiene una mancha en la frente del mismo color.
El Monito del monte, es un marsupial y especie endémica de Chile que se encuentra entre la VII región y Chiloé continental (X región). Habita en los bosques de tipo Nothofagus y bosques hidrófilos templados del sur del país. Es omnívoro y se alimenta principalmente de insectos, semillas, frutos y plantas.
Son los miembros más pequeños de la familia de los cérvidos. Miden entre 60 y 90 cms. de largo y alcanzan los 40 cms. de alto, con un peso que va entre los 7 y 10 kilos. Habitan bosques templados – lluviosos del sur de Chile y Argentina y se alimentan en el sotobosque de ehelechos, arbustos, brotes de hojas y frutos.